Doctor Vlimmen is het verhaal van een plattelandsdokter in de jaren voor de Tweede Wereldoorlog en begint op het moment dat hij zijn vriend Dacka, een advocaat, van het station heeft gehaald en onderweg een aanrijding krijgt met een Sint Bernard hond, eigendom van een mooie vrouw, Tilly, en haar mooie dochter Maartje. Het verhaal gaat dan 10 jaar terug. De vrouw van Vlimmen heeft hem verlaten en zijn zuster Truus zorgt voor het huishouden. Regelmatig ontvlucht hij samen met Dacka de bekrompen gemeenschap om eventjes de bloemtjes buiten te zetten. Zijn sociale positie komt in het gedrang als het dienstmeisje zwanger blijkt te zijn en hij ervan wordt beschuldigd de vader te zijn. Zijn vriendschap met Dacka wordt op de proef gesteld als blijkt dat Dacka het dienstmeisje moet verdedigen. Uiteindelijk wordt Vlimmen vrijgesproken maar het feit dat zijn zuster Truus, waar hij zoveel van houdt, gaat emigreren maakt hem een sombere man. In deze toestand keren we terug naar de jaren '30, waar Vlimmen de hond van Tilly en Maartje behandelt die zojuist is aangereden. Deze onfortuinlijke ontmoeting zal echter ervoor zorgen dat aan de eenzaamheid van de dokter een eind komt.