Thèse de doctorat de l’Université de Strasbourg Ecole doctorale des Sciences de la vie et de la Santé Spécialité : Agronomie Présentée par Sophie BLANC Pour l’obtention du titre de Docteur de l’Université de Strasbourg C ARTOGRAPHIE GENETIQUE ET ANALYSE DE ’ LA RESISTANCE AU MILDIOU ET A L OÏDIUM M DE LA VIGNE CHEZ USCADINIA ROTUNDIFOLIA Présentée le 29 novembre 2012, à Colmar Membres du Jury : Charles-Eric DUREL Directeur de Recherche Rapporteur Valérie GEFFROY Chargée de Recherche Rapporteur Marie-France CORIO-COSTET Directeur de Recherche Examinateur Serge POTIER Professeur Examinateur Didier MERDINOGLU Directeur de Recherche Directeur de thèse Pere MESTRE Chargé de Recherche Co-encadrant de thèse II Each time I think I've reached a limit there's a door, it opens, and the limit is gone. - HERBERT NITSCH - Recordman du monde de plongée en apnée 2007, 2009 et 2010 III IV REMERCIEMENTS REMERCIEMENTS Je tiens tout d’abord à remercier chaleureusement les membres de mon jury, Charles- Eric Durel, Valérie Geffroy, Marie-France Corio-Costet et Serge Potier, pour avoir accepté d’évaluer mon travail. Je remercie également Anne-Françoise Adam-Blondon et Véronique Lefebvre d’avoir accompagné mon travail durant ces 3 ans, à travers la tenue de mes comités de thèse. Merci à Didier Merdinoglu, mon directeur de thèse, de m’avoir encouragée et soutenue depuis le début dans la réalisation de ce projet. Merci de ta confiance, Didier, et merci de m’inciter à donner le meilleur de moi-même. Un très grand merci à Pere Mestre pour son excellent co-encadrement, sa disponibilité et ses corrections pertinentes, tant sur l’article que sur le mémoire de thèse. Merci à Aurélie Canaguier pour l’envoi au laboratoire de nouveaux marqueurs microsatellites destinés à compléter ma carte génétique, et à Marie-France Corio- Costet de nous avoir fourni les souches d’oïdium qui m’ont permis de réaliser les expériences de pathologie. Je remercie également Jérôme Mutterer et Mathieu Erhardt pour leur accueil et leurs explications sur la microscopie électronique à balayage. Merci à tous mes collègues de l’équipe Génétique et Amélioration de la Vigne de l’INRA de Colmar. Particulièrement à : Frédérique, tu m’as donné le goût de la recherche en 2005 lors de mon stage de master2, je te dois beaucoup et j’admire tes qualités humaines et professionnelles ; Lucie, merci de m’avoir appris la rigueur en biologie moléculaire à mes débuts dans le laboratoire, nous ne t’oublions pas... ; Marie-Christine, ma coloc’ de choc, ta gentillesse et ta présence réconfortante m’ont souvent aidé à garder le moral. Merci de ton soutien ; Marie-Annick, merci pour toute l’aide que tu m’as apportée pendant cette thèse en pathologie avec l’oïdium ; Anne-Sophie pour la mise au point de la technique d’inoculation de l’oïdium, et Sabine pour le phénotypage mildiou ; Vincent et Pascale, merci pour votre aide avec la gestion du matériel végétal ; V REMERCIEMENTS Eric, merci pour ta disponibilité et ton aide précieuse en statistiques et sous R ; Christophe, Anne et Emilce pour les intéressantes et instructives discussions scientifiques ; Elisa, merci pour ton soutien et ta gentillesse, je te souhaite toute la réussite possible en Italie ; Jean-François, merci pour tous ces petits mots qui égayent le quotidien ! ; et simplement merci à celles et ceux qui m’ont aidé à un moment donné, d’une manière ou d’une autre, que ce soit matériellement ou par un encouragement ou une phrase gentille, ces attentions valent beaucoup à mes yeux et je m’en rappellerai longtemps. Sophie, ton sourire, ta gentillesse et ton optimisme, malgré les épreuves que tu as endurées, sont un exemple. Merci de ton soutien ! Merci à mes collègues de galère, doctorants, post-doctorants et stagiaires. A commencer par : Claire et Damien, vous êtes de véritables amis, merci pour tout, d’avoir été là dans les hauts et surtout dans les bas... Claire, merci pour ta présence, et toutes ces petites attentions qui font que la vie, en doctorat ou pas, est un peu plus belle ! Je te souhaite plein de bonnes choses pour l’après-thèse, et promis je viendrai essayer Quorum ! Damien merci pour ton écoute, ta gentillesse et ton soutien, j’admire énormément ce que tu as réalisé pendant et surtout après ta thèse, et je suis sûre que ce n’est qu’un début ; merci également de m’avoir fait découvrir Mendeley ! Merci à Audrey, ma stagiaire, je n’aurais pas pu mieux tomber pour mon premier encadrement. Merci à Clémence G., pour son amitié et ses super cookies-remonte-moral ! Merci également à Clémence H., Lorène, Sylvaine, Caroline, Jean, Paule, Marjorie, Laureline, Aline, Maxime et Amal. Merci également à Christine Lejeune de m’avoir permis de faire mes premiers pas d’enseignement en Licence à l’UHA. Je remercie également le personnel des serres, sans l’aide de qui aucune expérience ne serait possible, et plus particulièrement Jacky, Guillaume, Denise et Christian. --- Merci du fond du cœur à ma famille que j’aime plus que tout : ma maman, mon papa, ma mamie Odette, mon grand frère Pierre, et mes deux petits trésors Heidi et Axel ‘Di- Chon’! Votre soutien et votre amour sont le pilier de mon équilibre. Papi, j’aurais aimé VI REMERCIEMENTS que tu sois présent... je pense à toi. Pierre, finalement nous soutenons nos thèses à un mois d’écart tout pile, ça c’est de la synchronisation... Si ce n’est que dans mon cas, je m’arrêterai à une seule thèse! A mon Amour... Merci, pour tout. Pour tes corrections efficaces, pour ton soutien de chaque instant et ta présence sur les derniers mois. Quatre ans et demi après ta thèse, des aéroports et de l’amour plus qu’il n’en faut pour remplir la mer Baltique, un nouveau chapitre se clôt. En route pour le suivant ! Un énorme merci à mes amis, pour leur soutien précieux ! Je vous aime ! A Urely, plus qu’une amie, une sœur, merci de ta présence constante et de ton amitié sans faille dans les bons et les mauvais moments, malgré les kilomètres et quelles que soient les circonstances… et merci à nos batteries de téléphone ! ; à Loren, toujours présente dans mon coeur également depuis 12 ans… CACBU 4ever ! ; à Aurélie, toute jeune maman d’un adorable petit Hugo, finalement nous accouchons toutes les deux d’un ‘bébé’ quasiment au même moment ! ; à Elise, merci de ton soutien, d’avoir été là quand j’en ai eu besoin, et à Christophe, pour tous les bons moments et tes encouragements ! Et enfin, mais ce n’est négligeable… merci au sport ! Au tennis et à la danse! VII REMERCIEMENTS VIII ABREVIATIONS ABRÉVIATIONS ADN Acide désoxyribonucléique AFLP Amplified Fragment Length Polymorphism ANOVA ANalysis Of Variance CC Coiled-Coil cM centiMorgan cv. cultivar et al. et alii (locution latine pour « et tous les autres ») ETI Effector-Triggered Immunity FISH Fluorescent In Situ Hybridization GL Groupe de liaison Ha Hectare hpi heure post-inoculation HR Hypersensitive Response Hz Hertz IFT Indicateur de Fréquence des Traitements IM Interval Mapping ITS Internal Tanscribed Spacer jpi jour post-inoculation KIN Domaine sérine/thréonine KINase LOD Logarithm (base 10) Of Odds LRR Leucine Rich Repeat mg milligramme MQM Multiple QTL Mapping IX ABREVIATIONS NBS Nucleotide Binding Site NCF Nested Chromosome Fusion ng nanogramme PAMP Pathogenesis-Associated Molecular Pattern PCR Polymerase Chain Reaction PRR Pattern Recognition Receptor PTI PAMP-Triggered Immunity PVP Polyvinylpyrrolidone QTL Quantitative Trait Locus R Résistance RLK Receptor-Like Kinase S Sensibilité s seconde SAM Sélection Assistée par Marqueurs SDN Stimulateur de Défense Naturelle SIM Simple Interval Mapping SNP Single Nucleotide Polymorphism SSR Simple Sequence Repeat TIR Toll/Interleukin-1 Receptor URGV Unité de Recherche Génomique Végétale URGI Unité de Recherche Génomique Info l Microlitre l Micromolaire °C Degré Celsius X