Quando garoto, Evan Smoak foi recrutado no orfanato onde vivia para fazer parte de um programa americano ultrassecreto. Rebatizado de Órfão X, ele foi treinado para ser um exímio assassino e foi enviado aos piores lugares do mundo para missões que ninguém mais conseguia executar.

Depois de longos anos de atividade, Evan deixa o programa e usa as habilidades de agente secreto para “desaparecer” e viver para um único propósito, agora sob o codinome de “Senhor Mistério”: salvar e proteger pessoas pobres e indefesas como ele havia sido.

No entanto, seu passado de matador sangrento passará a assombrá-lo e também a seus protegidos. Alguém tão bem treinado quanto ele –um ex-colega de programa? – está na sua cola, para tentar eliminá-lo.