Todo parece completamente perdido para Jeremy y sus amigos: X.A.N.A., aliado con los terroristas del Green Phoenix, ha reactivado el arma terrible que estaba oculta en el corazón del mundo virtual; Jeremy, Ulrich y Eva están prisioneros en Lyoko; Aelita está encarcelada en el Mirror, un mundo virtual paralelo creado por su padre; Yumi y Odd son los únicos que quedan en el mundo real, pero… ¿Cómo van a salvar a sus amigos y finalmente derrotar a X.A.N.A.?