Rapport n° 15039 Anticiper et prévenir la perte de patrimoine génétique en cas de crises sanitaires [Application aux races ovines] établi par Francis GEIGER Dominique PLANCHENAULT Inspecteur général de la santé publique vétérinaire Inspecteur général de la santé publique vétérinaire Décembre 2016 CGAAER n° 15039 Page 1/67 CGAAER n° 15039 Page 2/67 SOMMAIRE RESUME...........................................................................................................................................5 LISTE DES RECOMMANDATIONS..........................................................................................................7 1. INTRODUCTION..............................................................................................................................9 1.1. Objet de la mission........................................................................................................9 1.2. Contexte........................................................................................................................9 1.3. Actualité et calendrier de la mission...............................................................................9 1.4. Objet de l'étude............................................................................................................10 1.5. Structure du rapport.....................................................................................................10 2. LES RACES OVINES FRANÇAISES..................................................................................................11 2.1. Histoire des races ovines française..............................................................................11 2.2. Inventaire des races ovines françaises........................................................................11 3. IDENTIFICATION, ENREGISTREMENT ET RECENSEMENT ..................................................................17 3.1. L'identification des ovins..............................................................................................17 3.2. Le registre d’élevage....................................................................................................18 3.3. Le recensement annuel des troupeaux........................................................................18 3.4. La localisation des races..............................................................................................21 3.5. Le suivi des races et des animaux...............................................................................24 3.5.1. Cas des ovins laitiers................................................................................................24 3.5.2. Cas des ovins allaitants............................................................................................26 4. RISQUES SANITAIRES ET PRESERVATION DU PATRIMOINE GENETIQUE..............................................33 4.1. Risque sanitaire et impact génétique...........................................................................33 4.1.1. Identification des dangers.........................................................................................33 4.1.2. Appréciation des risques..........................................................................................35 4.2. Le risque d'introduction de maladies "exotiques".........................................................36 4.3. L’évaluation du risque d’apparition d’une maladie........................................................39 4.3.1. Le cas de la dermatose nodulaire contagieuse.........................................................39 4.3.2. Le cas de l'infection congénitale par le virus de Schmallenberg..............................41 CONCLUSION..................................................................................................................................43 ANNEXES........................................................................................................................................45 Annexe 1 : lettre de mission..........................................................................................47 Annexe 2 : note de cadrage..........................................................................................49 Annexe 3 : liste des personnes rencontrées.................................................................61 Annexe 4 : liste des sigles utilisés.................................................................................63 Annexe 5 : liste des textes de références......................................................................65 Annexe 6 : bibliographie...............................................................................................67 CGAAER n° 15039 Page 3/67 CGAAER n° 15039 Page 4/67 RESUME Au cours les années 60, pour des raisons économiques et de capacité de mise en œuvre d'une politique d'élevage volontariste face aux besoins français en lait et viande, des choix importants furent faits pour réduire notamment le nombre de races bovines, ovines et caprines. Chez les bovins, le développement des productions s'est appuyé sur un nombre très réduit de races bouchères et laitières. Chez les ovins, l'approche fut différente. Si nous excluons la production laitière ovine centrée sur un produit phare, les éleveurs cherchèrent à asseoir leur production sur un plus grand nombre (56) de races bien adaptées au territoire à valoriser. Aujourd'hui, avec la montée en puissance de l'agroécologie, ce choix apparaît extrêmement pertinent et justifié. Cette richesse est à développer et conserver. Dans le domaine de l'élevage en général, les risques sanitaires majeurs sont connus, répertoriés et pour les principaux encadrés. Les dernières crises sanitaires ont montré l'efficacité de cet encadrement. Cependant, l'évolution des échanges internationaux d'animaux, les modifications géopolitiques, les transformations des systèmes d'élevage et le changement climatique risquent d'induire l'arrivée de pathologies encore non-présentes sur notre territoire ou même dont l'incidence est totalement inconnue dans le monde. Ces risques sanitaires majeurs sortent alors totalement de notre étude pour devenir un problème de prévention intéressant de nombreux domaines.. Face à des risques sanitaires et autres, la protection de nos races ovines passent en premier lieu par l'utilisation optimale des dispositifs de sauvegarde déjà existants. A cet égard, les dépôts en Cryobanque Nationale seront revus afin qu'ils répondent à un protocole établi ou à établir pour l'ensemble des races ovines. C'est une première recommandation forte. Le maintien et la sauvegarde d'un patrimoine génétique ovin riche passe par son repérage, sa localisation, son identification et sa gestion. A l'heure actuelle, ces 4 éléments sont peu ou prou mis en place. Malheureusement, leur intégration n'est pas faite de façon rationnelle ce qui entraîne un appauvrissement de la qualité des données et de leur transmission. L'incompréhension du système du suivi des exploitations se traduit par une contrainte chez les éleveurs. Trois recommandations doivent permettre une bonne remontée de la localisation des races. L'identification électronique des ovins est à présent quasiment totale. Cependant, elle doit être menée à son terme en donnant à chaque éleveur les moyens d'assurer une gestion électronique de son troupeau et de se donner ainsi les capacités de répondre aux demandes fluctuantes du marché. C'est aussi sur les aspects commerciaux que se repose la sauvegarde d'une race. Enfin de façon générale, la mission recommande, face à des risques sanitaires majeurs, que la dimension épidémiologique soit prise plus largement en compte avec un renforcement des plateformes de surveillance réalisant une concentration des données sanitaires. Dans ce domaine, si l'intérêt du secteur des ovins est engagé, l'homme, l'agriculture et l'environnement doivent y être particulièrement sensibilisés. Mots clés : Risques sanitaires – Races ovines – Epidémiologie – Gestion CGAAER n° 15039 Page 5/67 CGAAER n° 15039 Page 6/67 LISTE DES RECOMMANDATIONS R1. La mission recommande, avant toutes mesures complémentaires, de mettre en cryobanque nationale l'ensemble du patrimoine génétique ovin pour toutes les races menacées de disparition pour l'agriculture dans un premier temps et, dès que possible, pour toutes les races locales en respectant les prescriptions d'échantillonnage données par la Cryobanque Nationale. R2. Impliquant tous les éleveurs ovins français quelle que soit la taille des troupeaux possédés, les données de la BDNI constituent un bon support de travail dans le cadre d'une politique de sauvegarde des races. Cependant, ces données doivent être revues afin de prendre en compte des informations raciales selon un protocole standardisé et automatique. Une meilleure rigueur dans le relevé des informations sera également nécessaire. R3. Face à la difficulté de mettre en place une liaison forte entre les renseignements des diverses structures de suivi et les données de la BDNI permettant une bonne évaluation de la répartition géographique des races, leur évolution, leur localisation et leur valorisation économique, la mission recommande que la mise en place d'un plan de sauvegarde des races face à un risque pathologique majeur ne soit pas établie avant la prise en compte des données raciales au niveau du recensement annuel prévu à l’article 7 du règlement (CE) n°21/2004. R4. La mission recommande le développement des actions de suivi avec notamment un appui fort à la Plateforme d'Epidémiosurveillance Santé animale pour répondre aux sollicitations importantes qui risquent de survenir. Des programmes de collaboration et de recherche doivent être mis en place à partir des données collectées. R5. La mission recommande, avant toute autre mesure de revoir les procédures actuelles de recensement annuel en y intégrant les données de géolocalisation des troupeaux avec les effectifs et les races qui les composent. Elles permettront de gérer spécifiquement les animaux en cas de crises sanitaires. CGAAER n° 15039 Page 7/67 CGAAER n° 15039 Page 8/67 1. INTRODUCTION 1.1. Objet de la mission Par lettre du 14 janvier 2015 (voir annexe 1), le directeur de cabinet du ministre de l'agriculture, de l'agroalimentaire et de la forêt a sollicité le CGAAER pour analyser, avec la profession ovine, l'ensemble des facteurs de risques sanitaires de nature génétique pour chaque race ovine et chercher à établir des plans d'action visant à limiter l'impact des accidents sanitaires sur la sélection génétiques de ces races. La mission a été attribuée le 18 mars 2015 (c.f annexe 2) et les premiers contacts avec la profession ont été pris au cours des mois d'avril et mai 2015. Une note de cadrage a été envoyée au directeur de cabinet par lettre du 16 juin 2015 (c.f annexe 3). La première mission des responsables a été de participer au Tech'Ovin de Bellac les 2 et 3 septembre 2015. Cette manifestation se présente comme le rendez-vous des acteurs du monde ovin. Il permet de disposer d’un lieu unique de rencontres et d’échanges. Au cours de ces deux journées des rencontres formelles et informelles ont eu lieu permettant de mieux cadrer les divers points de la mission et de préparer les futurs contacts. 1.2. Contexte La France, par son histoire et par sa situation géographique, a permis le développement d'un grand nombre de races, particulièrement pour l'espèce ovine. Cette spécificité est le reflet des diverses activités humaines qui se sont succédées autour de la production des moutons et sont fortement ancrées dans les territoires. Cette diversité, qui résulte d'un choix politique de maintien d'un nombre important de races, apparaît, aujourd'hui, être un atout majeur pour répondre aux besoins de l'agroécologie et du commerce mondial. La contrepartie de cette situation est un effectif relativement limité de certaines de ces races et couplé parfois avec la persistance de petits troupeaux souvent concentrés géographiquement. Il en résulte, pour les races les plus faiblement représentées, une fragilisation de la structure démographique de la population et des risques accrus de dérive génétique liée à une consanguinité pouvant devenir importante. Les particularités propres à la reproduction ovine ne font qu'exacerber ces phénomènes. Les épisodes récents de fièvre catarrhale ovine et de maladie de Schmallenberg ont sensibilisé les organisations professionnelles à cette situation de grande vulnérabilité de certaines des races ovines françaises. S'il est possible d'imaginer le risque pathologique lié aux déplacements des animaux lors d'opérations commerciales, il semble beaucoup plus improbable de prévoir les effets du réchauffement climatique sur la santé animale. Ils se présenteront sans doute sous forme d’événements brutaux, fulgurants entraînant des mortalités importantes directes ou indirectes. Déjà confrontée, à ces risques incertains, très variables et parfois encore méconnus, la profession ovine se mobilise. Elle souhaite que ces races soient préparées pour affronter dans les meilleures conditions possibles ces risques sanitaires qui ne manqueront pas de survenir dans les prochaines années. 1.3. Actualité et calendrier de la mission Si la mission a effectivement débuté dans les premiers jours de septembre et envisageait des contacts sur le terrain, elle ne peut être déconnectée de l'actualité. En effet, le 11 septembre, un communiqué de presse émanant du Ministère de l'Agriculture, de l'Agroalimentaire et de la Forêt (MAAF) confirmait de manière formelle l'existence d'un foyer de fièvre catarrhale ovine (FCO) suspecté quelques jours plus tôt dans un élevage d'ovins et de bovins de l'Allier. L'analyse et l'isolement viral par le laboratoire national de référence de l'Agence nationale de sécurité sanitaire (Anses) mettaient en évidence un cas de FCO à sérotype 8. CGAAER n° 15039 Page 9/67 La mission travaillant sur les ovins et sur la mise en place de plans d'action visant à limiter l'impact des accidents sanitaires sur les races, elle ne pouvait prendre le risque d'interférer avec les mesures d'urgence mises en place. Le travail fut donc arrêté durant les mois de septembre et d'octobre. Il est assez exceptionnel qu'une mission soit confrontée en vraie grandeur à l'objet sur lequel elle doit émettre un avis. Il est certain qu'en France la FCO ne revêt pas un caractère pouvant mettre notablement en péril certaines races. La sévérité de la maladie est fonction de l'espèce infectée. Dans les pays où la FCO sévit de façon endémique, l'impact se traduit essentiellement par des déficits commerciaux. Cependant, les symptômes les plus graves touchent les ovins (perte de poids, chute de laine, stérilité). Chez les races les plus sensibles, la morbidité peut atteindre 100 %. La mortalité varie entre 2 et 30 % en moyenne mais peut aller jusqu'à 70 %. La mission a repris ses entretiens avec les divers acteurs dès le début du mois de novembre. Les visites de terrain se sont déroulées au cours des mois de décembre et janvier. 1.4. Objet de l'étude Cette étude a été menée à partir de deux entrées : l'une formée par l'ensemble des races ovines et l'autre formée par l'ensemble des pathologies connues ou non actuellement en France. La rencontre de ces deux entrées nous permet d’évaluer les événements susceptibles d'avoir un rôle sur la pérennité d'une filière de production ovine basée sur l'utilisation d'une race particulière. Les races ovines reconnues en France sont définies par l'arrêté du 29 avril 2015 fixant la liste des races des espèces bovine, ovine, caprine et porcine reconnues et précisant les ressources zoogénétiques présentant un intérêt pour la conservation du patrimoine génétique du cheptel et l'aménagement du territoire. L'étude s'appuiera complètement sur cette liste. De la même façon, ce travail repose sur les articles L. 223-2 et L. 223-4 du code rural qui définissent les listes de maladies réputées contagieuses et de maladies à déclaration obligatoire. Elles rentrent directement dans l'objet de cette étude soit directement par leur morbidité et/ou leur mortalité soit indirectement par les mesures sanitaires mises en œuvre. L'ensemble constitue une véritable menace pour la pérennité d'une race considérée. D'autres maladies pourront être abordées lorsqu'elles présentent un risque notable. C'est le cas des maladies émergentes mais également de nouvelles maladies aujourd'hui encore inconnues et pour lesquelles les mesures conservatoires prises doivent être capables de répondre. 1.5. Structure du rapport La mission a suivi l'économie générale de la lettre de mission pour définir le plan du rapport et aboutir, en quatre parties, à des propositions simples et pragmatiques. Dans la première partie de ce rapport, la liste des races ovines françaises sera présentée en dégageant si possible les effectifs et leur répartition géographique. La deuxième partie mettra en évidence les risques pathologiques connus pouvant survenir dans diverses régions et tentera de cerner les possibilités d'apparition de certaines maladies émergentes. La troisième partie du rapport sera une analyse des situations basée sur le ressenti des acteurs tant sur les risques sanitaires que sur l'organisation raciale ou la législation mise en place. Les premières recommandations pourront être émises lorsqu'elles s'appuieront sur la constatation d'un mauvais fonctionnement des règles établies. Enfin, la quatrième partie proposera des mesures réglementaires, préventives ou curatives pouvant être mises en place. La nécessité d'une hiérarchisation des actions déterminera les recommandations qui devraient permettre une sauvegarde du patrimoine génétique ovin français. CGAAER n° 15039 Page 10/67