BeFree: a text mining system for the extraction of biomedical information from the literature Àlex Bravo Serrano TESI DOCTORAL UPF / 2016 DIRECTOR DE LA TESI Dra. Laura I. Furlong DEPARTAMENT DE CIÈNCIES EXPERIMENTALS I DE LA SALUT ii The research leading to these results has received support from Instituto de Salud Carlos III-Fondo Europeo de Desarrollo Regional (PI13/00082 and CP10/00524), the Innovative Medicines Initiative Joint Undertaking under grants agreements n° [115002] (eTOX) and n° [115191] (Open PHACTS)], resources of which are composed of financial contribution from the European Union’s Seventh Framework Programme (FP7/2007-2013) and EFPIA companies’ in kind contribution. The Research Programme on Biomedical Informatics (GRIB) is a node of the Spanish National Institute of Bioinformatics (INB). Printing of the PhD thesis has received support from the Institut Hospital del Mar d'Investigacions Mèdiques (IMIM) (Convocatòria d'ajuts 2016 per a la finalització de tesis doctorals de la Fundació IMIM). iii iv Para mamá, papá e Iván. v vi Acknowledgements Primero de todo, me gustaría agradecer y especialmente dedicar esta tesis a toda mi familia. Cuando pienso qué voy escribir en estos agradecimientos, me vienen muchas imágenes, recuerdos, sentimientos, emociones, mamá y papá… Ya hace mucho tiempo que os fuisteis, pero no ha habido día que no pensara en vosotros. Habéis estado muy cerca de mí en todo momento, en mis pensamientos, en mis actos y en mis sueños. Por eso, mis primeros agradecimientos son para vosotros. Por lo que me disteis, por lo que me enseñasteis, por vuestros sacrificios, por todo el apoyo que recibí y recibo de vosotros. Por todo esto y más, gracias. Os echo mucho de menos. Os quiero. Un especial agradecimiento a todos mis abuelos, con los que viví momentos maravillosos. Especialmente, me gustaría agradecer a mi abuelo Pepe, que estuvo muy ilusionado cuando empecé mi doctorado. Por causas de la vida, Pepe nos dejó. Pepe, sé que estarías muy feliz y orgulloso de verme llegar hasta aquí. Sé que lo estás. Gracias. Muchísimas gracias a mis tíos!!! Luisa, Ginés y Beaaa!!! Siempre, siempre y siempre me habéis apoyado en todo momento y habéis estado muy pendientes y atentos de mí y de mi trabajo. Siempre os estaré muy agradecido por ello. De verdad, muchísimas gracias! Y por último y no menos importante, me gustaría agradecer especialmente a mi hermano, Iván. Por todo, absolutamente todo lo vii que ha hecho por mí. Iván, no tengo palabras para describir lo agradecido y orgulloso que estoy por tenerte como hermano, y que tienes como compañera de vida a una persona igual de excepcional que tú. Siempre has sido y eres todo un referente para mí. Chiqui! Te quiero mucho! Chi l’avrebbe mai detto che durante il mio dottorato avrei conosciuto una delle persone più importanti della mia vita, Eleonora. Sei diventata la mia compagna, il mio motivo, il mio sogno, il mio futuro, la mia famiglia, la mia Eleonora. Lo sai quanto sono grato di averti nella mia vita, però adesso, voglio ringraziarti per tutto l’appoggio incondizionato che mi hai sempre dato e che mi è servito per andare avanti e finire questa tesi. Dopo di me, tu sei stata quella che più ha sofferto questa fase. Mi hai ascoltato, mi hai capito e motivato. Sei la persona che più ha creduto e crede in me e nel mio lavoro. Semplicemente, grazie per come sei amore mio. Ti amo tanto. Vorrei anche ringraziare tutta la tua famiglia perché mi ha sostenuto tantissimo, specialmente la tua mamma e tua sorella Virginia. Muchísimas gracias a todos mis amigos, que habéis estado apoyándome siempre. Sería muy complicado dedicaros unas frases a cada uno de vosotros, pero ya sabéis lo más importante. Estoy muy orgulloso y agradecido de teneros. Me habéis apoyado en muchos momentos de mi vida, y os considero parte de mi família. Muchas gracias a todos y cada uno de vosotros: Edu, Ramón, Puchi, Toni, Zurdo, Corral, Gerard, Carlos, Masters, Elton, Rodrigo y viii Abuelo. A los marines Dani, Capità, Koke, Ruiman, Kimet, Cunyao, Chus y Sebas. A toda la tropa de Can Dragó y Crossfit Can Dragó! De todo corazón, gracias! Un aspecto muy importante a tener en cuenta es, que esta tesis no la he hecho yo solo. Sin la ayuda incondicional, sin el apoyo constante y sin el trabajo duro de toda la gente que he conocido durante este periodo en el PRBB, difícilmente esta tesis podría haberse llevado a cabo. Chicos, nunca olvidéis que un trocito de esta tesis os pertenece a cada uno de vosotros! Primero de todo, me gustaría agradecer a Laura I. Furlong la oportunidad que me ofreció para poder realizar este doctorado. Laura, has sido mi jefa, mi supervisora y mi directora de tesis, pero has sido siempre tan cercana conmigo, que siempre te he visto como una compañera más. Gracias por el apoyo constante que siempre me has dado, por ayudarme en los momentos más difíciles y sobre todo por creer en mi trabajo más que yo mismo. Muchísimas gracias por todo Laura! També m’agradaria donar les gràcies en Ferran Sanz. Per a mi has estat i ets tota una referència. Encara que la teva agenda estigués ajustadíssima, sempre t’has implicat i m’has aportat bones idees per aplicar en el meu treball. I sobretot, sempre has considerat molt positivament el meu treball. Moltes gràcies! ix Y ahora me gustaría agradecer a toda la gente con la que he compartido horas de trabajo, risas, desayunos, comidas, cafés y en general, buenos momentos. Estamos en un mundo laboral, donde frecuentemente la gente va y viene. Por eso, me gustaría seguir mis agradecimientos a aquellos que se fueron a probar nuevas oportunidades y que han compartido muchos momentos conmigo, como a Pau Carrió y Albert Antolín, y en particular a Montse, Solène y Núria. Montse! Moltes gràcies per tot!!! Sempre m’has ajudat moltíssim, t’has interessat pel meu treball i sobre tot, m’has recolzat molt!!! Moltes gràcies Montse!! Ah! I gràcies per involucrar-te i ajudar-me a publicar el meu primer article! Es hablar de Solène y… Pim, pam pum! Bocadillo de apuuum!!! (que no atún, porque no rima con pum). Solène!!! Sé que estás super contenta de ver que he llegado hasta aquí. Has sido una gran compañera y amiga, hemos compartido muchos buenos momentos en el trabajo y siempre me has apoyado a mí. Merci beaucoup pour tout Solène! Nurietaaaa!!! Que haig de dir de tu??? Ets la millor!!! Hem compartit molts moments, molts sopars, molts coffee breaks i sobretot molts riures!!! Sempre, sempre, sempre m’has recolzat, m’has animat i m’has motivat en tot. M’has ajudat molt per seguir x