Plateau d’imagerie de MRI-IGH Automatisation des plugins MétroloJ AKBAR David Master Imagerie spécialité imagerie Pour la biologie Promotion 2010/2011 Résumé Le stage a été réalisé au sein de la plateforme d’imagerie MRI à Montpellier, au plateau d’imagerie IGH-optique sous la direction du Dr Julien Cau. Il avait pour objectif de mettre en place des outils informatiques afin d’automatiser les analyses des visites de maintenance. Cette automatisation optimise la réactivité du personnel, lui fait gagner du temps et renforce la valeur statistique des mesures effectuées. Les greffons (plug-ins) du logiciel ImageJ qui ont fait l'objet d'une automatisation sont : ‐ Generate PSF Report : ce plugin permet la mesure de la résolution à partir de PSF (Point Spread Function). Le profil d’intensité X, Y et Z de la PSF est tracé et la FWHM des profils pour chaque direction est mesurée. La version automatisée (Macro « Automatic PSF Report ») permet d’identifier des billes dans une pile d’images n canaux sélectionnée par l'utilisateur ou à partir de toute pile identifiée automatiquement sur la base d’un nom contenant un élément/TAG donné. ‐ Generate Field Illumination Report : ce plugin permet l’analyse d’une image d’une lame contenant de façon homogène un fluorochrome. La Macro permettant son automatisation est « Automatic Field Illumination Report » et permet de lancer une analyse sur un set d’image donné ou sur toute image contenant différents TAGs dans son nom (100x, GFP, etc…). ‐ Generate Coalignment Report : ce plugin permet de contrôler le coalignement des différents canaux d’une bille multimarquée. Son automatisation a porté sur un set d’image sélectionné par l'utilisateur. En parallèle, des tests métrologiques mensuels et annuels ont été effectués et les données produites ont permis de valider ces macros. En dehors de l’aspect métrologie, J’ai eu le plaisir de travailler dans un domaine qui me passionne, au sein d’une équipe très professionnelle. Au terme de cette expérience professionnelle, je peux affirmer avoir approfondi mes connaissances théoriques et pratiques, ce qui sera un atout important pour la poursuite de mon activité. Remerciements Avant d’effectuer tout développement sur mon expérience professionnelle, il me semble opportun de commencer ce rapport de stage, en faisant part de ma reconnaissance auprès des personnes qui m’ont beaucoup appris, et qui ont eu la gentillesse de faire de cette expérience un moment agréable et profitable, aussi bien au niveau professionnel que personnel. Je tiens tout d’abord à faire-part de ma gratitude auprès de Dr Julien Cau mon responsable de stage qui m’a accueilli au sein du plateau MRI-IGH, qui m’a formé et accompagné tout au long de cette expérience professionnelle avec beaucoup de patience et de pédagogie. En second lieu, je tiens à remercier Dr Julio Mateos-Langerak et Nicole Lautredou-Audouy pour les conseils ainsi que l’aide qu’ils ont pu m’apporter au cours de ces six mois de stage. Il me semble également opportun de remercier ma responsable de master Mme Delphine Burel et l’ensemble de mes professeurs, qui nous ont accompagnés durant ces deux dernières années, et sans laquelle nous n’aurions point été là où nous sommes. Pour finir je tiens à remercier mes camarades de promotion 2009-2010 et de 2010-2011. Plateau d’imagerie de MRI-IGH Automatisation des plugins MétroloJ AKBAR David Master Imagerie spécialité imagerie Pour la biologie Promotion 2010/2011 Liste d’abréviations ROI = « Region Of Interest » région d’intérêt délimitée dans une image MRI = « Montpellier RIO Imaging » plate-forme Régionale d'Imagerie du Languedoc - Roussillon. C'est une Plate - Forme Technologique (PFT), labellisée IBiSA. IGH = L'Institut de Génétique Humaine Dapi = combinaison de filtres dans le trajet optique pour avoir une lumière d’excitation dans l’UV et une émission dans le bleu (pic d’excitation du fluorophore = 365nm ; pic d’émission > 397nm). FITC/GFP = combinaison de filtres dans le trajet optique pour obtenir une lumière d’excitation dans le bleu et une émission dans le vert (pic d’excitation du fluorophore = 470nm ; pic d’émission = 535nm). Rhodamine = combinaison de filtres dans le trajet optique pour avoir une lumière d’excitation dans le vert et une émission dans le rouge (pic d’excitation du fluorophore = 546nm ; pic d’émission > 590nm). CV = Coefficient de Variation. Le CV correspond au rapport de l’écart type sur la moyenne pour une ROI d’une image. Cet indicateur permet d’évaluer la qualité d’une image dans le rapport signal sur bruit. PSF = « Point Spread Function » fonction de dispersion optique d’un système. Stack = pile d’images. Le stack désigne une suite d’acquisitions successives dans une même dimension comme une pile d’images dans l’axe Z. Plugin MetroloJ = Plugin fonctionnant sous Image J qui permet l’analyse de certains test métrologiques (homogénéité du champ d’illumination, mesure de la PSF, coalignement, …) développé par M. Fabrice P. Cordelières et M. Cédric Matthews